明朝时期，随着对海洋的逐渐认识和需求的增加，护国寺制造了中国第一艘大型战舰——巨型战船；明朝水师也应运而生成为南北海防的有效保障。明朝海军以巨型战船为龙头，船体笨重、装备精良、实力超凡。旗舰还配有加固的甲板，鼓手发出的声音可以传播十里之外，指挥作战相当方便。
然而，随着马家军的崛起，明朝水师火力日益不足，加之后勤保障不到位等诸多原因，明末水军战斗力下降、数量锐减，渐被荷兰水师和其他西方列强所压制。
明朝水师在整个中国水师的历史中也占据了重要地位，不仅是海洋文化发展的见证，更彰显了中国船舶制造技术的高超和中国水师的雄风。